Nella riserva è presente un alto grado di biodiversità (alto numero di specie), dovuto alla presenza di ambienti anche molto diversi tra loro e caratterizzati ognuno dalla propria vegetazione.

Spostandosi dalla linea di costa verso l’interno si incontrano i fondali sabbiosi marini che ospitano le praterie di fanerogame e la riva del mare, caratterizzata dalla vegetazione psammofila (adatta a vivere sulla sabbia); a ridosso delle dune sabbiose troviamo un giovane bosco di pioppi e salici, mentre all’interno delle vasche, in prossimità delle barene prevale la vegetazione alofila (capace di crescere in ambiente salato) tra cui spicca il Limonium con le sue infiorescenze viola a partire dal mese di luglio.

Nella parte nord-occidentale della riserva sono presenti anche i prati che vengono sfalciati all’inizio di luglio per non disturbare la fauna presente.

L’apporto di acqua dolce da parte di alcuni pozzi artesiani crea situazioni adatte all’insediamento della cannuccia di palude, in particolare attorno ad alcuni bacini interni ed al Canale Averto.

Proprio lungo questo corso d’acqua si sviluppa anche un fitto bosco di olmo siberiano, il cui impianto risale al 1946.