La parte principale della Riserva è costituita dalla valle da pesca, un insieme di specchi d’acqua e canali, interrotti da zone fangose periodicamente sommerse dall’acqua e da isolotti. Come valle da pesca, venne creata da zone lagunari poco profonde attorno alle quali furono costruiti argini per isolarla idraulicamente dall’ambiente circostante. Chiuse regolabili consentono di mantenere il livello dell’acqua ottimale, per la caccia e la pesca, per la gestione dell’avifauna adesso.

Ancora oggi il livello dell’acqua nella valle può essere modificato tramite le chiuse, chiamate chiaviche, che regolano l’ingresso di acqua durante l’alta marea o lo svuotamento in fase di bassa marea.

Il livello medio dell’acqua attualmente viene mantenuto più basso rispetto ad un tempo, per favorire la sosta di un numero di specie uccelli, soprattutto limicoli, che nella zona della ex valle da pesca trovano zone adatte alla ricerca del cibo o per favorire alcune specie nidificanti (Cavaliere d’Italia, Sterna comuna).

Le specie ittiche maggiormente presenti sono quelle che meglio tollerano gli sbalzi di salinità e di temperatura, come il cefalo, branzino, l’orata e l’anguilla. Le terre emerse presenti all’interno della Valle sono ricoperte da vegetazione alofila, cespugli e radi canneti.