Mithilfe von Überwachungsprogrammen (Monitoring) von Fauna und Flora soll die qualitative und quantitative Zusammensetzung der Tier- und Pflanzengemeinschaften im Laufe der Zeit bewertet werden. Die regelmäßige Durchführung von Monitoring-Programmen ist von großer Bedeutung für die Leitung eines Naturschutzgebiets, da sie mit Schutz- bzw. Managementmaßnahmen einhergehen, den Wissensstand bezüglich einer Art oder Population erweitern, oder aber im Vorfeld oder im Anschluss an Management- oder Schutzeingriffe nähere Aufschlüsse ermöglichen. Für jede untersuchte Gruppe kommen spezifische Beobachtungsverfahren zum Einsatz, die Spezialisierung und konstante Aktualisierung erfordern.
Im Naturschutzgebiet Valle Cavanata werden regelmäßig Fauna- und Flora-Monitorings durchgeführt; sie liefern ein flächendeckendes und zeitlich umfassendes Gesamtbild des Zustands der dort vorhandenen Habitate. Die bisher durchgeführten Bestandsüberwachungen der Fauna betreffen mehrere Tiergruppen: Vögel, Reptilien, Amphibien, Tagfalter, Fledertiere, Fische und die Große Steckmuschel.
Vögel reagieren sehr empfindlich auf äußerliche Aspekte und die Zusammensetzung der Vegetation und sind daher ausgezeichnete Makroindikatoren für die Umweltqualität; sie werden häufig als Gesundheitsanzeiger für die Habitate verwendet, in denen sie leben. Mithilfe ausgedehnter Monitorings, die standardmäßig und kontinuierlich über einen bestimmten Zeitraum stattfinden, werden Informationen zur Beschaffenheit und Verbreitung der verschiedenen Vogelarten gesammelt. Dadurch können der Trend und der Erhaltungszustand der Vogelgemeinschaften und der von ihnen genutzten Lebensräume eingeschätzt werden, was wiederum ein korrektes Management des Schutzgebiets zum Erhalt der biologischen Vielfalt erst möglich macht.
Neben den genannten Aktivitäten befindet sich im Schutzgebiet seit Jahren die Wissenschaftliche Fang- und Beringungsstation Regionales Naturschutzgebiet Valle Cavanata.