Namen Naravnega rezervata Valle Cavanata je ohranjanje habitatov in vrst, trajnostni razvoj, znanstvene raziskave, informiranje, izobraževanje in turistična uporaba.

Zaradi svojih okoljskih posebnosti rezervat Valle Cavanata velja za eno najpomembnejših mokrišč v zgornjem Jadranu z visoko stopnjo biotske raznovrstnosti. V skladu z Ramsarsko konvencijo je bil razglašen za mokrišče z mednarodno vrednostjo in je del omrežja Natura 2000 kot območje, pomembno za Skupnost, ki je bilo nato označeno tudi kot posebno ohranitveno območje (P.O.O.), in posebno območje varstva (P.O.V.).

V rezervatu že od njegove ustanovitve potekajo raziskave in spremljanje živalstva in rastlinstva za izboljšanje znanstvenih spoznanj in informacij o tem posebnem okoljskem sistemu.

Izobraževalne dejavnosti in naravoslovno-okoljski turizem so pri upravljanju rezervata še posebej pomembni.
Posegi in ukrepi, ki so prispevali k povečanju biotske raznovrstnosti v rezervatu, so upravljanje nivoja vode, izgradnja arteških vodnjakov in mlak s sladko vodo, nadzor antropogenih motenj ter zasaditev živih mej in dreves.